Comme de nombreux estuaires, l’estuaire de la Loire a été profondément modifié depuis plusieurs siècles par l’interaction entre les processus naturels et les activités humaines, notamment pour les besoins de la navigation et par le développement de l’industrie portuaire. Dans cette étude, une analyse spatiale et temporelle de la végétation permet de décrire les conséquences de ces changements. La dynamique de la végétation est analysée à l’aide d’un système d’information géographique sur une période de 30 ans, au niveau du lit majeur de la rive nord de la section intermédiaire de l’estuaire. La dynamique de ces végétations est décrite par l’analyse diachronique de documents cartographiques historiques. Ceux-ci sont comparés à la cartographie réalisée en 2011 en croisant les différentes couches d’informations sous système d’information géographique qui sont ensuite analysées selon le modèle des matrices de transition. Les probabilités de transition obtenues fournissent une description quantitative des successions végétales, qui, complétées par des informations fournies par les valeurs indicatrices des espèces végétales, mettent en évidence des modifications majeures de l’environnement physico-chimique (salinisation, sédimentation), ainsi que des changements d’usage du milieu (pression de pâturage, pratique cynégétique). MOTS CLÉS Végétation, dynamique spatiale, système d’information géographique, changements globaux, estuaire, matrice de transition.