En 1959, l’anamorphe (forme asexuée) Candida lusitaniae est décrite par van Uden et do Carmo-Sousa après avoir été isolée d’un prélèvement effectué au niveau du caecum, chez un porc, au Portugal (van Uden et do Carmo-Sousa, 1959). En 1979, son téléomorphe (forme sexuée) Clavispora lusitaniae Rodrigues de Miranda, espèce type du genre, est isolée à partir d’essence de Citrus en Israël (Rodrigues de Miranda, 1979). Cette espèce, haploïde et hétérothallique, appartient à la famille des Metschnikowiacées, ordre des Saccharomycétales, classe des Ascomycota. En 1986, une seconde espèce Clavispora opuntiae Paff et al., intègre le genre (Paff et al., 1986).