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En bactériologie conventionnelle, les méthodes de diagnostic reposent traditionnellement sur lisolement et lidentification des bactéries. Selon le germe en cause, le délai de réponse peut varier dun à plusieurs jours. Depuis la fin des années 1980, lavènement du séquençage des génomes bactériens (Fournier et al., 2007) a permis le développement exponentiel des techniques moléculaires qui ont révolutionné le diagnostic des maladies infectieuses.