En bactériologie conventionnelle, les méthodes de diagnostic reposent traditionnellement sur l’isolement et l’identification des bactéries. Selon le germe en cause, le délai de réponse peut varier d’un à plusieurs jours. Depuis la fin des années 1980, l’avènement du séquençage des génomes bactériens (Fournier et al., 2007) a permis le développement exponentiel des techniques moléculaires qui ont révolutionné le diagnostic des maladies infectieuses.