L’intestin constitue un écosystème extrêmement complexe où les trois principaux acteurs – le microbiote, les nutriments et les cellules de l’hôte – sont en contact permanents et donc interagissent. Les relations micro-organismes-hôte ont longtemps été regardées essentiellement sous l’angle de la pathogénicité, cependant, de plus en plus de travaux montrent les interactions bénéfiques entre la flore commensale et l’organisme humain, faisant du microbiote un véritable partenaire. Ce partenariat débute à la naissance, la colonisation bactérienne commençant dès la rupture des membranes foetales. Les cellules bactériennes, dont le nombre – évalué à 1014 – dépasse d’environ 10 fois le nombre de cellules de l’organisme, sont en contact constant avec les tissus et la majorité de ce microbiote réside dans l’intestin, essentiellement le côlon, où il est caractérisé par son haut niveau et sa large diversité. Le nombre d’espèces bactériennes a été évalué à 400 à 500 espèces par les techniques de culture classique. Par des techniques indépendantes de la culture ce nombre est évalué à 1 200 jusqu’à 10 000 espèces selon la technique mise en oeuvre (Frank & Pace, 2008; Rajilic-Stojanovic et al., 2007). Le microbiote intestinal peut ainsi être considéré comme un véritable organe, ouvert, métaboliquement adaptable et rapidement renouvelable.