Le premier bacille à Gram-positif anaérobie strict non sporogène a été isolé par Tissier en 1899 à partir de selles de nourrissons allaités au sein. D’abord appelée « Bacillus bifidus communis », cette bactérie est maintenant dénommée Bifidobacterium bifidum biovar b (Mitsuoka, 1984 ; Scardovi, 1986). Dès son isolement, cette bactérie a suscité l’intérêt des médecins et des nutritionnistes en raison de son absence de pathogénicité et de sa réputation de protection contre la survenue de diarrhées (Fuller, 1992 ; Holzapel et al., 1998). D’autres souches ont ensuite été isolées et ont été classées dans le genre Lactobacillus. La confusion entre les genres Lactobacillus et Bifidobacterium a longtemps retardé la compréhension du rôle physiologique de ces bactéries.