Résumé

Les micro-organismes représentent une immense biodiversité qui est indispensable à la vie sur cette terre et qui fournit une ressource quasi illimitée pour le développement de la biotechnologie en aval des applications. La recherche sur la diversité microbienne (isolement de nouveaux isolats, caractérisation ou identification…) a un rôle évident au niveau des progrès de la science et ce dans l’'intérêt de l'’humanité.

Les résultats des travaux de recherche sont soigneusement conservés dans des milliers d'’articles scientifiques par an, accessibles à la communauté scientifique et disponible en version papier et / ou électronique. Toutefois, l’'accessibilité des micro-organismes concernés par ces articles est incertaine et dépend souvent de la bonne volonté des chercheurs impliqués. L'’accès aux ressources peut même être refusé comme une politique du secret stratégique basé sur une potentielle valeur économique. Et généralement, la disponibilité à long terme est rarement assurée par les groupes de recherche ou leurs instituts d’'accueil. Déposer ces ressources biologiques au sein des Centres de Ressources Biologiques (CRB) (collections de références) permet d'’assurer leur disponibilité. En matière de taxonomie bactérienne, le Comité International de Taxonomie des Procaryotes a imposé depuis 1999, le dépôt obligatoire des souches types dans au moins deux CRB, situés dans 2 pays différents, lors de la description de nouvelles espèces (Labeda et Oren, 2008). En analogie avec cette initiative, il est préconisé que les souches dont le génome entier a été séquencé soient déposées dans au moins deux CRB de 2 pays différents (Coenye et Vandamme, 2004 ; Ward et al, 2001).

Cependant, une enquête a été effectuée dans le cadre d’'un projet européen (le projet EMbaRC : http://www.embarc.eu) ; cette enquête a montré qu’en 2008, 1261 articles sur les procaryotes (en dehors des souches types) ont été publiés, impliquant 20.172 souches bactériennes dont seule une infime partie (moins de 1%) ont été déposés dans un CRB, leur assurant une conservation à long terme (Stackebrandt 2009, communication personnelle). En outre, moins de la moitié (47%) des souches ayant eu leur génome entier de séquencer est disponible au sein des CRB (génomes d’or On Line Base de données v 3.0, Novembre 2009) (Liolios et al. 2009) et donc peuvent être utilisées pour d’'autres études. La non disponibilité de ce matériel biologique entrave l’'accélération des progrès de la science.