Le genre Enterobacter comprend 20 espèces (tableau I). Enterobacter cloacae (espèce type du genre Enterobacter) et E. aerogenes sont les espèces les plus fréquemment isolées en clinique en France. Les études phylogénétiques ont permis de déclasser trois espèces, Enterobacter intermedius reclassé dans le genre Kluyvera, Enterobacter dissolvens reclassé en tant que sous-espèce d’Enterobacter cloacae et E. sakazakii dans le genre Cronobacter en 2007 (Iversen et al., 2007). Huit nouvelles espèces ont été décrites sur la base de l’analyse du 16SrRNA ou du gène rpoB et sont issues d’extraits végétaux, de la rhizosphère des plantes ou du sol : Enterobacter ludwigii, E. radicintans, E. arachnidis, E. helveticus, E. mori, E. pulveris, E. soli et E. turicensis. Six des 20 espèces d’Enterobacter, font partie du complexe Enterobacter cloacae du fait de leur proximité phénotypique et génotypique.