L'œuvre de Boëly pose à l'interprète moderne de nombreux problèmes :

• Choix des instruments : lequel choisir : piano, piano à claviers de pédales, piano à trois mains, orgue (mais quel orgue ?), orgue expressif (de quoi s'agit-il ?).
• Choix d'interprétation : faut-il jouer strictement legato certaines pages polyphoniques et plus articulées d'autres morceaux inspirées par le piano ou le clavecin ?  Quels tempi choisir ? Comment envisager les adaptations pour orgue pensées d'abord pour le quatuor ou le piano ?
• Classer : l'œuvre de Boëly a été publiée en grande partie à titre posthume et dans un ordre aléatoire. Une part importante est restée manuscrite. Il incombe à l'exécutant d'élaborer un classement cohérent, spécialement des pièces à inspiration liturgique. Ces dernières sont conçues pour être alternées avec des mélodies de plain-chant dont l'origine ne nous est pas toujours familière (rituel parisien).
• Comprendre : Ce compositeur occupe une place particulière dans le paysage organistique du xixe siècle. Il convient de relire son œuvre en la situant à sa juste place, bien avant les premières grandes pièces de César Franck et de Saint-Saëns.

Défendre cette musique magnifique et plurielle (plus de 600 pièces pour clavier d'une grande variété stylistique) exige une parfaite connaissance des sources et de l'environnement musical de Boëly, mais surtout une véritable conviction, un attachement personnel à ce compositeur.